НОК КР осуществляет свою деятельность в соответствии с законодательством Кыргызской Республики, Олимпийской Хартией Международного Олимпийского комитета и Уставом Национального Олимпийского комитета Кыргызской Республики. На основе независимости и доброй воли Национальный олимпийский комитет Кыргызской Республики объединяет федерации по олимпийским видам спорта.
Кыргызстан, как независимое государство, впервые выступила на зимней Олимпиаде 1994 года в Лиллехамере (Норвегия) и с тех пор принимала участие во всех Играх. На летних Олимпийских играх 1992 года спортсмены Кыргызстана входили в состав объединённой команды, а ранее, с 1952 года выступали под флагом СССР.Миссией НОК КР являются развитие и защита Олимпийского движения на территории страны, участие в Олимпийских играх, расширение международного сотрудничества, популяризация массового спорта и здорового образа жизни, а также физическое и духовное обогащение людей.